Tuy nhiên, PGS.TS Huỳnh Thị Lan Hương, Phó Viện trưởng Viện Khoa học Khí tượng Thủy văn và Biến đổi khí hậu cho rằng, nhận định trên là chưa có cơ sở. PGS Hương nêu, nghiên cứu sử dụng số liệu địa hình ven biển (Coastal DEM) được xây dựng trên cơ sở hiệu chỉnh sai số của STRM DEM.
Thực tế, STRM DEM thường có sai số về độ cao lớn do bao gồm cả các lớp thực vật và nhà cửa. Vì vậy, các nhà khoa học đã hiệu chỉnh số liệu địa hình ven biển nhưng không hiệu chỉnh cho ĐBSCL nên số liệu địa hình trong nghiên cứu này chưa phản ánh đúng độ cao thực tế của khu vực.
Ngoài ra, trong nghiên cứu của Climate Central, các tác giả sử dụng kịch bản nước biển dâng 2m kết hợp với triều cường trong xây dựng bản đồ nguy cơ ngập. Vì vậy, kết quả đưa ra sẽ không thể phân biệt ngập lụt do mực nước biển dâng do biến đổi khí hậu (ngập vĩnh viễn) và nguyên nhân ngập lụt do hiệu ứng thủy triều (chỉ trong vài giờ). Bên cạnh đó, kịch bản nước biển dâng 2m không được đề xuất trong báo cáo Đánh giá lần thứ năm của Ban Liên chính phủ về biến đổi khí hậu (AR5).
Theo PGS Hương, các số liệu tốt nhất và cập nhật nhất đã được Bộ Tài nguyên và Môi trường sử dụng trong xây dựng bản đồ nguy cơ ngập do nước biển dâng trong kịch bản năm 2016. Bộ đã xây dựng bản đồ nguy cơ ngập với kịch bản nước biển dâng 100 cm là mức cao trong trong kịch bản RCP 8.5 (kịch bản cao). Do vậy, các cơ quan, địa phương khi đánh giá nguy cơ ngập do nước biển dâng cần sử dụng số liệu chính thức do Bộ Tài nguyên và Môi trường công bố.
Kịch bản của Bộ TNMT cho thấy, với mực nước dâng 100cm, khoảng 16,8% diện tích đồng bằng sông Hồng, 1,47% diện tích các tỉnh ven biển miền Trung từ Thanh Hóa đến Bình Thuận, 17,8% diện tích Tp. Hồ Chí Minh, 38,9% diện tích đồng bằng sông Cửu Long có nguy cơ bị ngập. Cụm đảo Vân Đồn, Côn Đảo và Phú Quốc có nguy cơ ngập cao. Nguy cơ ngập đối với quần đảo Trường Sa là không lớn. Quần đảo Hoàng Sa có nguy cơ ngập lớn hơn.
Hiện nay, Bộ Tài nguyên và Môi trường đang tiến hành cập nhật kịch bản biến đổi khí hậu và nước biển dâng. Dự kiến, trong thời gian tới, sẽ tiếp tục cập nhật các bản đồ nguy cơ ngập do nước biển dâng từ dữ liệu cập nhật này trong các kịch bản tới.
Dù cho rằng thông tin “vào năm 2050, TP. HCM và ĐBSCL sẽ bị xoá sổ” là chưa đủ cơ sở khoa học và dựa trên các giả định cực đoan. Tuy nhiên, PGS Hương cũng cho rằng đây cũng là một thông điệp cần quan tâm để khi xây dựng các phương án quy hoạch, chính quyền cần chú ý đến sự sụt lún, nước biển dâng và ngập lụt do triều cường để đề xuất phương án hợp lý giải quyết vấn đề nước biển dâng cho ĐBSCL và TP.HCM.