• Giấy phép về Hoạt động dự báo, cảnh báo Khí tượng Thủy văn
• Viện trưởng
• Các Phó Viện trưởng
• Văn phòng
• Phòng Kế hoạch – Tài chính
• Phòng Khoa học, Đào tạo
  và Hợp tác quốc tế
• Phòng Nghiên cứu Công nghệ Khí tượng Thủy văn và Biến đổi khí hậu
• Trung tâm Nghiên cứu Khí tượng – Khí hậu
• Trung tâm Nghiên cứu
  Khí tượng nông nghiệp
• Trung tâm Nghiên cứu Thủy văn và Hải văn
• Trung tâm Nghiên cứu Biến đổi khí hậu
• Trung tâm Nghiên cứu Môi trường
• Tạp chí Khoa học Biến đổi khí hậu
• Trung tâm Tư vấn, Dịch vụ Khí tượng
  Thủy văn và Biến đổi khí hậu
• Phân viện Khoa học Khí tượng Thủy văn và Biến đổi khí hậu