• Viện trưởng
• Các Phó Viện trưởng
• Văn phòng
• Phòng Kế hoạch – Tài chính
• Phòng Khoa học, Đào tạo, Hợp tác quốc tế
  và Tạp chí
• Phòng Nghiên cứu Công nghệ Khí tượng Thủy văn và Biến đổi khí hậu
• Trung tâm Nghiên cứu Khí tượng – Khí hậu
• Trung tâm Nghiên cứu
  Khí tượng nông nghiệp
• Trung tâm Nghiên cứu Thủy văn và Hải văn
• Trung tâm Nghiên cứu Biến đổi khí hậu
• Trung tâm Nghiên cứu Môi trường
• Phân viện Khoa học Khí tượng Thủy văn và Biến đổi khí hậu