Viện Khoa học Khí tượng Thủy văn và Biến đổi khí hậu có 05 chuyên ngành đào tạo như sau:
1. Biến đổi khí hậu ; Mã số: 9440221
2. Khí tượng và khí hậu học; Mã số: 9440222
3. Thủy văn học; Mã số: 9440224
4. Hải dương học; Mã số: 9440228
5. Quản lý tài nguyên và môi trường; Mã số: 9850101