Theo Quyết định số 62/QĐ-VKTTVMTB , ngày 30 tháng 01 năm 2026 của Viện trưởng Viện Khoa học Khí tượng Thủy văn, Môi trường và Biển quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Trung tâm Nghiên cứu Thủy văn như sau:
Điều 3. Lãnh đạo Trung tâm
- Trung tâm Nghiên cứu Thủy văn có Giám đốc và không quá 02 Phó Giám đốc.
- Giám đốc chịu trách nhiệm trước pháp luật và trước Viện trưởng về các nhiệm vụ được phân công và toàn bộ hoạt động của Trung tâm; ban hành quy chế làm việc và điều hành các hoạt động của Trung tâm.
- Phó Giám đốc Trung tâm giúp việc Giám đốc, chịu trách nhiệm trước Giám đốc và trước pháp luật về các lĩnh vực công tác được phân công.
Điều 4. Cơ cấu tổ chức
- Phòng Nghiên cứu và Dự báo thủy văn.
- Phòng Thuỷ văn ứng dụng.
- Phòng Phát triển công nghệ Thủy văn.