• Viện trưởng
• Các Phó Viện trưởng
• Văn phòng
• Phòng Khoa học, Đào tạo và Hợp tác quốc tế
• Phòng Nghiên cứu Đa dạng sinh học
• Phòng Kinh tế và Quản lý môi trường, biển và hải đảo
• Trung tâm Nghiên cứu Khí tượng và Khí hậu
• Trung tâm Nghiên cứu Thủy văn 
• Trung tâm Nghiên cứu Biến đổi khí hậu
• Trung tâm Nghiên cứu Môi trường
• Trung tâm Nghiên cứu Biển và Hải đảo
• Phân viện Khoa học Khí tượng Thủy văn, Môi trường và Biển